小膠質細胞(Microglia)是神經膠質細胞的一種，相當于腦和脊髓中的巨噬細胞。小膠質細胞是廣泛分布于中樞神經系統（CNS）的一類巨噬細胞，屬于神經膠質細胞的一種，占整個CNS膠質細胞數量的5%～20%，是CNS極為重要的常駐免疫細胞，即腦部定居的巨噬細胞。除了大家非常熟悉的小膠質巨噬細胞，腦部還有很多部位或則結構來界定的巨噬細胞。即邊緣相關巨噬細胞（border-associated macrophages，BAMs）。
* 表征為MHCIIlo的硬膜下巨噬細胞：特異性表達基因Egfl7和LYVE1。同時也富含Maf、Folr2、Igf1、IL-10和Fcgr2b。Fcgr2b是一種激活Fcγ受體的抑制劑，因此暗示該亞群可能有負調控免疫反應的作用。不過小鼠模型顯示，LYVE1+ BAMs也存在于實質、脈絡叢和硬腦膜的血管周圍空間中。
血管周圍巨噬細胞是早被發現的非實質腦巨噬細胞亞群。其特異性表征為CD163+、CD206+和LYVE1+。
脈絡叢巨噬細胞同樣可以憑借MHCIIlo或hi的差異表達被劃分為不同亞群。這種差異化表達與巨噬細胞隨時間變化而成熟有關。例如，在成年和老年小鼠中，MRc1和LYVE1在脈絡叢巨噬細胞中下調，而CD74(MHCII相關基因)和Klra2上調。
* 轉錄特征：表達SALL1，缺失MRc1；
* 轉錄程序：與神經退行性疾病相關的小膠質細胞的轉錄程序部分相同，包括APOE、TREM2和Clec7a的表達。
* 來源：與其他脈絡叢巨噬細胞亞群不同，Kolmer氏叢上巨噬細胞是胚胎來源的，并在局部進行自我維持。
